CEPESJU, cuenta con cuatro áreas de trabajo: Comunicación,  Gestión de Proyectos, Capacitación y Tecnología e Investigación. En cada una de ellas, ponemos a disposición nuestra experiencia y capacidad profesional.

Área de ComunicaciónÁrea encargada de difundir y potenciar la información de  las actividades de los proyectos en marcha con el objetivo de visibilizar las acciones ante los profesionales, contrapartes, beneficiarios/as intermedios y finales así como la comunidad en general. Articula las herramientas y acciones comunicacionales en las áreas de trabajo institucional.
Encargada de facilitar  y fortalecer  el  establecimiento  de  alianzas, redes y consorcios.

Área  Gestión de Proyectos Comprende la búsqueda de  financiamiento, formulación e implementación de los proyectos institucionales  incluyendo  el  monitoreo  y  evaluación.
Encargada de gestionar  según el expertiz de cada área, el servicio de consultorías y demás servicios que  ofrece  la  institución a la comunidad: capacitación, entrenamiento, servicios de salud como son la atención psicológica, consejería en SS y SR, ITS y VIH y Sida entre otros.

Área de Capacitación y TecnologíaResponde a las necesidades de capacitación tanto intra como extra institucional, basadas en las últimas metodologías y fundamentada en las experiencias exitosas. Busca el desarrollo de habilidades técnicas y  humanas y el uso de herramientas educativas involucrando la gestión del conocimiento como eje temático principal.
Responsable de los  servicios de educación en salud así como de la  formación de mediadores, formadores, y promotores en los temas de dominio institucional.    

Área de Investigación CEPESJU  considera que la  investigación es uno de los motores del progreso social, cultural y económico de la sociedad del conocimiento.
Busca generar información científica que brinde información sistematizada, flexible y dinámica que contribuya a la mejora de los progresos sociales, económicos y culturales. Así mismo sirva insumos para la formulación de nuevas iniciativas.